16-vuotias syyrialainen, Daniel, on lähtenyt kotimaastaan sotaa pakoon. Hän saapuu Ateenaan tarkoituksenaan edetä kohti Suomea, jossa hänen veljensä jo asuu, mutta tielle nousee pahoja esteitä. Daniel elää kaupungissa paperittomana ja varattomana ja joutuukin varsin pian joustamaan periaatteistaan. Ja ihmisoikeuksistaan. Samanikäinen Isla puolestaan elää  suojattua elämää suomalaisessa pikkukaupungissa: elämään kuuluu koulua, kavereita ja poika-asioita. Islan isä on toimittaja ja dekkarikirjailija. Tämän tiimoilta perhe matkustaa Ateenaan, jossa isä tekee taustatutkimusta seuraavaa romaaniaan varten. Silloin Islan ja Danielin tiet kohtaavat. Vaikka tämän perusteella toisin voisi luulla , Hotelli Desperado ei varsinaisesti ole romanttinen tarina, vaan se kuvaa kahden erilaisen maailman julmia eroja tarkasti ja kaunistelematta. Kuinka erilaista onkaan elämä siitä riippuen, missä on sattunut syntymään. Omilla tai edes vanhempien tai isovanhempien teoilla on siihen hyvin vähän vaikutusta.